On distingue deux saisons des pluies, la petite saison des pluies de octobre/novembre et la grande saison des pluies de mars à juin, et deux saisons sèches, la petite saison sèche de décembre à février et la grande saison sèche de juin à octobre).
Les précipitations annuelles sont comprises entre 900 et 1600 mm.

La température annuelle varie entre 18° et 24° C.
L’est du Rwanda connaît une température de jour qui s’élève facilement à 30° C, tandis que celles des régions de plus de 2000 m d’altitude avoisine parfois zéro degré centigrade.