L’industrie a été peu développée par les colons espagnols et par les dirigeants ultérieurs. Elle se concentre sur Bioko et concerne essentiellement le raffinage de l'huile, le traitement du cacao et du café, ainsi que la fabrication du savon.

Depuis 1994, le pétrole dont les gisements sont situés dans le prolongement des champs pétrolifères gabonais fait l'objet d'une exploitation. Exploité depuis 1991, le gisement d'Alba a produit 80 000 barils par jour en 1998, mais l'opposition s'est élevée contre le bradage de ces richesses nationales au profit du pouvoir.