Explorant la baie du Biafra entre 1469 et 1474, Fernão do Pó, navigateur portugais découvrit l’île de Bioko et la baptisa Fernando Póo. En 1471 ou 1472, l'îlot d'Annobón fut aperçu par João de Santarem et Pêro de Escobar.

Au cours du XVe siècle, les îles et les rivages continentaux passèrent sous la juridiction des Portugais de São Tomé. L'implantation européenne farouchement combattue par Bubis se limita à quelques négriers ou de planteurs portugais à l’île Fernando Póo, de même qu’à l’île d’Annobón.

En 1778, par le traité du Prado, le Portugal céda à l’Espagne, qui espérait ainsi puiser dans un réservoir d’esclaves nécessaires à ses colonies en Amérique, les îles de Fernando Póo (Bioko) et d’Annobón, ainsi que le territoire du Río Muni sur le continent. Pour le Portugal, il s’agissait d’un échange avantageux puisqu’il récupérait une grande bande de territoire au sud du Brésil.

La première expédition espagnole en 1778 fût un échec, les équipages ayant étant décimés par les fièvres sur l’île de Fernando Póo (Bioko). Il en fut de même pour les équipages suivants.

En 1827, les Britanniques occupèrent l’île de Fernando Póo (Bioko) libérant les esclaves et combattant les Espagnols qui poursuivaient la traite des esclaves, alors que celle-ci était partout interdite dans l’Empire britannique.

Ce n’est qu’en 1843 que l’île de Fernando Póo fut rendue à l’Espagne qui en profita pour annexer la petite île de Corisco près du continent. Le reste du pays ne fut occupé par les espagnols qu’en 1858 mais la colonie ne servit que de lieu de déportation pour les prisonniers politiques de Cuba. Seuls quelques marins, des déportés et des missionnaires continuèrent de jour un rôle colonial en Guinée espagnole. Ce n'est qu'après 1945 que l’exploitation de bois de la forêt équatoriale débuta.

En fait, les Espagnols s'attachèrent surtout à mettre en valeur la colonie de Fernando Poo, l’île qu'on surnommera plus tard l’«île jardin». Mais les Bubis, soumis aux travaux forcés, se révoltèrent à plusieurs reprises. Au début du XXe siècle, les colons espagnols firent appel à des travailleurs nigérians réputés pour être plus dociles, ce qui favorisa l’émergence du krio.

Le colonialisme pratiqué en Guinée équatoriale s’apparentait à une sorte d’esclavage des populations autochtones réussissant à les isoler des changements politiques en cours en Afrique.

Mais dans les années 1950, devant l’essor des revendications nationalistes, l'Espagne dû modifier sa politique coloniale. Elle donna à la Guinée le nom de Région équatoriale formant alors deux provinces, le Río Muni et le Fernando Póo, toutes deux représentées au parlement de Madrid. La provincialisation de 1959 supprima l'indigénat et fit des Équato Guinéens des «citoyens espagnols à part entière», tandis que l'assimilation devenait la nouvelle politique.

En 1963, les deux provinces obtinrent leur autonomie sous le nom de Guinée espagnole.

Puis un gouvernement local constitué de nationalistes modérés fut chargé d’administrer le pays. Mais des nationalistes guinéens plus radicaux portèrent la question de la souveraineté sur ces territoires devant l'Organisation des Nations unies. Celle-ci proposa la tenue d'une conférence institutionnelle, au terme de laquelle se déroulèrent en août 1968 les premières élections présidentielles et législatives. Francisco Macías Nguema, un grand propriétaire terrien fang, fut élu président. Il proclama l’indépendance le 12 octobre de la même année. Fédération des deux anciennes provinces, le pays devient un État unitaire en 1973.

Le président Francisco Macías Nguema mena une politique dictoriale qui a vu l’assassinat, l’arrestation ou la fuite de centaines de milliers de personnes. En 1979, Macias Nguema, en état de démence, est destitué par son neveu, le colonel Obiang Nguema qui prendra sa succession. Jugé pour trahison, il est exécuté. 

La politique du Président Obiang Nguema n’est pas tellement différente de celle de son prédécesseur.