La Guinée-Équatoriale connaît à un climat équatorial chaud et humide (98% d'humidité) et des pluies annuelles qui excèdent 2 000 mm. La température annuelle moyenne est d'environ 25 °C.

Le Nord connaît une saison des pluies de la mi-Mars à la mi-Novembre.

Le Sud connaît une saison des pluies de septembre à novembre et une autre de la mi-février au mois de juin. Les précipitations annuelles dépassent 2 005 mm dans la plupart des régions.